বর্তমান মোহনগঞ্জ উপজেলা একসময় সিংধা পরগনা ও মৈমনসিংহ পরগনা ভুক্ত ছিল। মৈমনসিংপরগনার জমিদার যুগল কিশোররায় চৌধুরী ও সিংধা পরগনার মোহম্মদ খাঁ এ অঞ্চল শাসন করতো। এর পূর্বে সিংধা হয়বত নগরের দেওয়ানদের হাত হয়ে মোহম্মদ খাঁ-র পূর্ব পূরুষদের হস্তগত হয়েছিল। মৈমনসিংহ পরগনার বর্তমান মোহনগঞ্জ এলাকা মৈমনসিংহ পরগনার জমিদারদের বংশধারায় যুগল কিশোররায় চৌধুরীর হস্তগত হয়েছিল। কালে মোহনগঞ্জ এলাকা কৃষি ও ব্যবসায় প্রসার লাভ করে। জনবসতি ও লোক চলাচল বেড়ে যায় এ সকল কারণে ইংরেজ শাসনামলে ১৯০৯-১০ খ্রীস্টাব্দে বারহাট্টা থানার একটি ফাড়ি বর্তমান মোহনগঞ্জ উপজেলার খুরশীমুলে গ্রামে স্থাপিত হয়েছিল। পরবর্তী সময় অর্থাৎ ৬ এপ্রিল ১৯২০ খ্রীস্টাব্দে মোহনগঞ্জ থানাকে পুনাঙ্গ থানায় রূপান্তর করা হয়। ১৯২০-২১ অর্থবছরে থানা কার্যালয়টি খুরশীমুল গ্রাম থেকে স্থানান্তর করে বর্তমান মোহনগঞ্জ বাজারে আনা হয়। সে সময় থানা পরিচালনা কাজটি একটি ভাড়া বাড়ীতে চলতো। ১৪ নবেম্বর ১৯৩৯ খ্রীস্টাব্দে মোহনগঞ্জ থানা কার্যালয় নিজস্ব ভবণে কার্যক্রম শুরু করে। ১৯৬২ সালে মোহনগঞ্জ থানা উন্নয়ন ও রাজস্ব অফিস প্রতিষ্ঠা লাভ করে। ১৫ ডিসেম্বর ১৯৮২ খ্রীস্টাব্দে মোহনগঞ্জ থানাকে মনোন্নীত থানা পরে উপজেলায় রূপান্তর করা হয়।